Het Bomenfonds is bedoeld om herplanting van ‘gelijke ecologische waarde’ te stimuleren nadat bomen worden gekapt. Nu blijkt uit onderzoek van de Rekenkamercommissie Leiden-Leiderdorp dat dat in de praktijk slechts zelden lukt. Zo blijkt in werkelijkheid dat de storting in het Bomenfonds voor vergunningshouders vaker als afkoomsom dient dan als prikkel tot nakoming van het compensatieplan.

Volgens de Rekenkamercommissie moet de gemeente een heldere administratie opstellen van gekapte en herplante bomen, en er actief voor te zorgen dat vergunningshouders hun compensatieplicht nakomen. Nu gebeurt dat nog te weinig, mede doordat de gemeente niet actief controleert.